Kabupaten Halmahera Tengah dibentuk sejak tahun 1990 berdasarkan Undang-Undang Nomor 06 Tahun 1990 dan pada tahun 2003 telah dimekarkan sesuai dengan Undang-Undang Nomor 01 Tahun 2003 menjadi dua Kabupaten dan satu Kota, yaitu Kabupaten Halmahera Tengah dengan pusat Pemerintahan di Weda, Kabupaten Halmahera Timur dan Kota Tidore Kepulauan. Sehingga pada saat ini wilayah Kabupaten Halamhera Tengah mempunyai luas wlayah 8.381,48 Km2(daratan 2.276,83 Km2 atau 27% dan luas lautan sekitar 6.104,65 Km2 atau 73%.
Secara Geografis Kabupaten Halmahera Tengah berada diantara 0o15’ Lintang Selatan dan 0o 45’ Lintang Utara, 127o 45’ Bujur Timur sampai 129o 26’ Bujur Timur dengan batas-batas sebagai berikut:
- Sebelah Timur : berbatasan dengan Kabupaten Sorong Provinsi Papua Barat)
- Sebelah Barat : berbatasan dengan Kota Tidore Kepulauan
- Sebelah Utara : berbatasan dengan Kabupaten Halmahera Timur
- Sebelah Selatan : berbatasan dengan Kabupaten Halmahera Selatan
Wilayah Kabupaten Halmahera Tengah secara administratif terbagi menjadi 10 Kecamatan dan 61 Desa, Yaitu:
- Kecamatan Weda memiliki 7 Desa;
- Kecamatan Weda Selatan memiliki 8 Desa;
- Kecamatan Weda Utara memiliki 9 Desa;
- Kecamatan Weda Tengah memiliki 7 Desa;
- Weda Timur memeliki 5 Desa
- Kecamatan Patani memiliki 5 Desa;
- Kecamatan Patani Utara memiliki 12 Desa;
- Kecamatan Patani Barat memiliki 5 Desa;
- Kecamatan Patani Timur memeliki 5 Desa dan
- Kecamatan Pulau Gebe memiliki 8 Desa
Luas Wilayah Daratan Kabupaten Halmahera Tengah secara keseluruhan 2.276,83 Km2 diperincikan menurut Kecamatan sebagai berikut:
Hasil yang telah dicapai adalah terbangunnya 2 (dua) unit Kantor Camat baru hasil pemekaran Kecamatan sesuai Peraturan Daerah Kabupaten Halmahera Tengah Nomor 23 Tahun 2008 tentang Pembentukan Kecamatan Weda Tengah dan Peraturan Daerah Kabupaten Halmahera Tengah Nomor 24 Tahun 2008 tentang Pembentukan Kecamatan Patani Barat Kabupaten Halmahera Tengah. Sehingga dengan demikian Kabupaten Halmahera Tengah terdiri dari 8 (delapan) Kecamatan yaitu :
- Kecamatan Weda dengan Ibu kotanya Weda
- Kecamatan Weda Utara dengan Ibu kotanya Sagea
- Kecamatan Weda Selatan dengan Ibu kotanya Wairoro Indah
- Kecamatan Weda Tengah dengan Ibu kotanya Lelilef
- Kecamatan Patani dengan Ibu kotanya Kipae
- Kecamatan Patani Utara dengan Ibu kotanya Tepeleo
- Kecamatan Patani Barat dengan Ibu kota Banemo
- Kecamatan Pulau Gebe dengan Ibu kotanya Kapaleo.
Wilayah Kabupaten Halmahera Tengah bertopografi berombak dan bergelombang, agak mencolok dengan teluk yang besar seperti teluk Weda. Kecamatan Patani dan Gebe terdapat 5% dataran rendah.
Penyebaran wilayah dataran terdiri dari pulau-pulau vulkanis dan pulau karang dengan beraneka ragam jenis tanah yang dominan antara lain Tanah Kompleks, Aluvial, Podsol, Regosol, Mediteran dan Renzina. Ciri tanah yang beraneka ragam ini diklasifikasikan berdasarkan perbedaan tinggi dan kemiringan permukaan tanah atau lereng.
Topografi yang berombak dan bergelombang dengan dataran rendah meliputi Kecamatan Weda dan Patani yang terletak pada bagian Timur Pulau Halmahera. Disamping Pulau Halmahera sebagai Induknya, wilayah Kabupaten Halmahera Tengah terdiri dari beberapa pulau baik yang dihuni penduduk maupun tidak. Jumlah pulau di Kabupaten Halmahera Tengah kurang lebih sebanyak 43 pulau diantaranya yang besar adalah gugusan Pulau Gebe yang didiami penduduk, sedangkan yang lainya adalah pulau-pulau kecil (Pulau Karang). Lebih rinci Pulau-pulau di Halmahera Tengah sebagai berikut:
Kondisi Fisiografi Kabupaten Halmahera Tengah dibentuk oleh relief-relief yang besar dimana palung-palung oceanis dan punggung-punggung pegunungan saling berganti dengan sangat mencolok, daerah ini termasuk lingkungan kontinen melanisia. Kondisi Geologi dan struktur tanah diwilayah Kabupaten Halmahera Tengah dapat dilihat dari jenis batuan, jenis tanah dan kemampuan tanah.
- Jenis batuan
Menurut peta geoligi Kabupaten Halmahera Tengah (1992), sebagian besar struktur batuan di Kabupaten Halmahera Tengah tersusun dari batuan vulkanik. Endapan permukaan batuan vulkanik tersusun dari alluvial, undak dan tertumbuh koral disamping neogen dan parmo karbon yang termasuk dalam devan di Irian Jaya.
- Jenis Tanah.
Berdasarkan peta bagan jenis tanah lembaga Penelitian Tanah (LPT) Bogor tahun 1969 dan hasil peta data pokok pembangunan Daerah Kabupaten Halmahera Tengah (1992), Jenis tanah yang terdapat diwilayah Kabupaten Halmahera Tengah adalah termasuk jenis tanah regosol.
Halmahera Tengah merupakan Daerah kepulauan yang beriklim tropis dimana iklimnya sangat dipengaruhi oleh laut (angin).Curah hujan rata–rata 1.695–2.570 mm pertahun dengan jumlah hari hujan 86–157 hari.Daerah ini juga mempunyai dua musim yakni musim utara barat dan musim timur atau musim selatan dengan diselingi dua kali masa peralihan atau musim panca robah. Makin keutara makin banyak turun hujan terutama di Kecamatan Weda dengan curah hujan antara 3001–3500 mm, sedangkan makin ketimur makin kurang hujan terutama di Kecamatan Patani dan Kecamatan Pulau Gebe. Musim kemarau terjadi pada bulan Desember sampai Maret bertiup angin muson barat laut yang sedikit membawa uap air. Musim hujan jatuh pada bulan Mei sampai Oktober bertiup Angin Muson Tenggara. Bila menggunakan klasifikasi SCHMIDTH F.H dan H.H.A FERGUSON maka berdasarkan data curah hujan setiap stasion di Daerah Halmahera Tengah mempunyai tipe iklim A atau tipe sangat basah.
Jenis Tanah di Kabupaten Halmahera Tengah antara lain:
- Tanah Latosol. Jenis Tanah ini mempunyai batas induk yang berasal dari turvulkanis dan mempunyai 2 jenis yakni: Latosol vulkanis dan Latosol gunung.
- Tanah Aluvial. Jenis Tanah ini terdapat diatas tanah datar dan terbentuk endapan-endapan sungai, tanah Aluvial ini ada 2 jenis yaitu Aluvial pantai terdapat di pesisir di Kecamatan Patani dan Aluvial lembah terdapat dilembah sungai Lelilef dan sungai Fidi Kecamatan Weda Tengah.
- Tanah Podsol. Jenis Tanah ini di kenal ada 2 macam yaitu merah kuning mempunyai bahan induk metamorphosis yang terdapat di Kecamatan Weda, coklat kelabu berasal dari batu metamorphosis terdapat di Kecamatan Weda dan Patani.
- Tanah Kompleks. Jenis Tanah ini terdiri dari berbagai jenis tanah yang tidak dapat dipisahkan secara sendiri-sendiri.
- Mediteran merah kuning. Jenis Tanah ini terdapat di gugusan Pulau Gebe Kecamatan Gebe.
- Regosol. Jenis Tanah ini banyak terdapat di wilayah Kabupaten Halmahera Tengah yaitu seluas 129.876 Ha atau 51,15% dari luas wilayah. Terbanyak di Kecamatan Weda dan Patani dengan ciri tekstur yang kasar, berusia muda tanpa mengalami perkembangan dan drainasenya agak cepat.Sebagian besar masyarakat menggunakan lahan dengan jenis tanah ini untuk tanaman kelapa, kebun campuran dan tegalan.
- Rezina. Jenis Tanah ini terdapat di Pulau Gebe Kecamatan Gebe yaitu seluas 16.205,10 Ha atau 6,38% dari luas wilayah. Jenis tanah ini mengandung sumber daya alam berupa mineral yang cukup banyak dan beragam.